消化内科分中心以食管、胃肠及肝胆胰腺疾病的内镜介入(微创)诊断与治疗为特色，国内领先、国际知名。在消化系疑难病及肿瘤的发病机制、早期诊断和治疗方面不断创新、突破，多次承担国家“十一?五”支撑计划、“863”计划、国家自然科学基金、卫生部公益性项目、国家科技部之国际合作项目、“九?五”攻关项目、北京市科委重点科研项目。每年与中国医师协会消化医师协会共同主办“北京国际消化疾病论坛”、承办卫生部委托的 “全国消化医师进修班”，同时不定期举办不同层次的胃镜、结肠镜、EUS、ERCP沙龙及“手把手”培训班，“‘友谊’消化直通车万里行”被批准为“卫生部第二轮十年百项计划”，学员们在经过“手把手”的培训后，临床技能有了长足的进步，为带动发展边远、基层的医疗卫生机构做出了一定的贡献。
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肝病内科分中心是国内知名的肝病科学基础和临床研究单位，是国内开展肝纤维化研究最早的单位之一。本中心拥有大型微粒子酶免疫分析仪、电化学发光酶免疫分析仪、实时荧光定量核酸扩增仪及高清晰度彩色多普勒超声显像仪、腹水回输仪等与肝病诊断和治疗相关的先进仪器和设备。中心成立十余年来一直坚持走临床与科研相结合的道路，对肝纤维化及早期肝硬化的基础与临床进行了系统、深入的研究。本中心拥有老中青结合的团队，多数医生有医学博士、硕士学位或在国外着名大学接受专业培训和进修。
普外科分中心综合实力强劲、专科特色突出，医疗、教学、科研并重，在国内具有领先地位。分中心紧跟普通外科学术发展的最前沿，大胆创新和引进新技术。在“微创外科技术的创新与综合应用”以及“终末期肝病及其并发症的外科治疗”方面形成特色。在单孔腹腔镜手术技术、内镜-腹腔镜联合诊治技术、全腹腔镜下胃肠道手术技术、门静脉高压症的手术治疗等方面处于国内外领先地位。近年来，分中心主持国家“十二五”科技支撑计划项目1项、国家自然科学基金20余项，省部级科研项目30余项;获得国家及省部级科研成果奖10余项;主持制定卫生部国家卫生标准1项，发表SCI论文100余篇。
肝移植分中心是国内儿童活体肝移植开展最多的两家单位之一，拥有国际多项肝移植技术的首次创新。在儿童、重症肝移植方面独具特色，不仅数量领先，还进行了多项技术的创新和临床研究。其中保留胆囊及精确定位胆道位置为国际首创的技术；同时，分中心还在国际上首创了病肝及健康活体双供肝“多米诺”肝移植术、亚洲首例肝中静脉完全劈分劈离式肝移植、国内首例儿童单肝段移植手术。
